Платформа VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia)

Номинация:
Повышение доступности и качества данных

Описание проекта:
Проект посвящен созданию платформы VGARus для агрегирования данных о геномах вирусов SARS-CoV-2, выявленных в Российской Федерации.
Платформа позволяет осуществлять централизованный сбор и анализ данных о структуре и динамике выявленных вариантов вируса, что помогает лучше оценивать эпидемиологическую ситуацию в стране и принимать эффективные меры по ее контролю.
База данных VGARus производит поиск закономерностей с применением метода машинного обучения. Для анализа полных геномов применяется открытый и используемый мировым научным сообществом инструмент Pangolin. Для анализа фрагментных нуклеотидных последовательностей (участки или ген S-белка вируса целиком) применяется собственное биоинформатическое средство анализа данных PARuS (государственная регистрация №2022612845).

Результаты:
Создана национальная платформа VGARus с целью агрегирования данных о геномах вирусов SARS-CoV-2, выявленных в Российской Федерации (свидетельство о государственной регистрации №2021621178 от 02.06.2021 г.).
База данных VGARus представляет собой классический пример «BIG DATA» и является крупнейшей в Российской Федерации базой данных в области генетических исследований возбудителей инфекционных заболеваний, служащей для целей эпидемиологического надзора в стране.

Внедрение:
К платформе подключено более 150 организаций, из них 37 проводят секвенирование геномов коронавируса и депонирование последовательностей геномов на VGARus для дальнейшего анализа. Помимо Российской Федерации, в проекте участвуют Республика Армения и Республика Беларусь.
Объем накопленных геномных последовательностей SARS-CoV-2 превысил 255 тысяч по состоянию на май 2023 г., в т.ч. более 145 000 – полные геномы.

Освещение в СМИ:
Сайт федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека:
https://www.rospotrebnadzor.ru/about/info/predpr/news_predpr.php?ELEMENT_ID=22447
Сайт «Медвестник»:
https://medvestnik.ru/content/news/V-Rossii-sozdana-Nacionalnaya-baza-dannyh-genomnyh-posledovatelnostei-virusa-SARS-CoV-2.html
Сайт «НТВ»:
https://www.ntv.ru/novosti/2567202/

Команда проекта:
ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора
Хафизов Камиль Фаридович (Заведующий лабораторией геномных исследований)
Стратулат Денис Валерьевич (Руководитель Информационно-Аналитической Службы)
Самсонов Александр Андреевич (Руководитель группы по управлению проектами)
Евтифеев Евгений Анатольевич (Руководитель направления по разработке веб-приложений)