Платформа VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia)
р.
р.
Номинация: Повышение доступности и качества данных
Описание проекта: Проект посвящен созданию платформы VGARus для агрегирования данных о геномах вирусов SARS-CoV-2, выявленных в Российской Федерации. Платформа позволяет осуществлять централизованный сбор и анализ данных о структуре и динамике выявленных вариантов вируса, что помогает лучше оценивать эпидемиологическую ситуацию в стране и принимать эффективные меры по ее контролю. База данных VGARus производит поиск закономерностей с применением метода машинного обучения. Для анализа полных геномов применяется открытый и используемый мировым научным сообществом инструмент Pangolin. Для анализа фрагментных нуклеотидных последовательностей (участки или ген S-белка вируса целиком) применяется собственное биоинформатическое средство анализа данных PARuS (государственная регистрация №2022612845).
Результаты: Создана национальная платформа VGARus с целью агрегирования данных о геномах вирусов SARS-CoV-2, выявленных в Российской Федерации (свидетельство о государственной регистрации №2021621178 от 02.06.2021 г.). База данных VGARus представляет собой классический пример «BIG DATA» и является крупнейшей в Российской Федерации базой данных в области генетических исследований возбудителей инфекционных заболеваний, служащей для целей эпидемиологического надзора в стране.
Внедрение: К платформе подключено более 150 организаций, из них 37 проводят секвенирование геномов коронавируса и депонирование последовательностей геномов на VGARus для дальнейшего анализа. Помимо Российской Федерации, в проекте участвуют Республика Армения и Республика Беларусь. Объем накопленных геномных последовательностей SARS-CoV-2 превысил 255 тысяч по состоянию на май 2023 г., в т.ч. более 145 000 – полные геномы.
Команда проекта: ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора Хафизов Камиль Фаридович (Заведующий лабораторией геномных исследований) Стратулат Денис Валерьевич (Руководитель Информационно-Аналитической Службы) Самсонов Александр Андреевич (Руководитель группы по управлению проектами) Евтифеев Евгений Анатольевич (Руководитель направления по разработке веб-приложений)
Номинация: Повышение доступности и качества данных